Das Origens à Construção Medieval
A Sé Catedral de Faro, também conhecida como Igreja de Santa Maria, foi construída após a reconquista de Faro aos mouros pelos cristãos em 1249, durante o reinado de D. Afonso III. O templo foi erguido sobre os vestígios de uma basílica paleocristã que, durante o período árabe, foi convertida em mesquita.

Na época árabe, ao antigo nome romano de Ossónoba junta-se, depois do séc. IX, a referência a Santa Maria do Ocidente de lbn Harun e, mais tarde, de Faaron. Em 1251, dois anos após a reconquista, o Arcebispo de Braga, D. João Viegas, iniciou a construção da igreja, dedicada à Nossa Senhora. Em 1271, o templo foi entregue à Ordem de S. Tiago, como recompensa pelos serviços prestados na tomada da povoação.

Durante o reinado de D. Dinis, a partir de 1321, a igreja passou por uma nova campanha de obras, sendo ampliada e reformulada. Do edifício original dos sécs. XIII e XIV, ainda se conservam alguns elementos arquitetónicos, como a torre sineira e as duas capelas do cruzeiro. No séc. XV, o templo sofreu novas remodelações, das quais ainda restam vestígios medievais, como o pórtico, a torre, as capelas laterais do transepto com abóbadas de arcos cruzados e uma porta lateral interior.

Elevação a Catedral
Em 1577, durante o episcopado do bispo-humanista D. Jerónimo Osório, a igreja foi elevada a Sé Catedral, tornando-se sede da Diocese do Algarve após a transferência do bispado de Silves para Faro. 

O Ataque Inglês de 1596
No entanto, em 1596, a cidade foi invadida pelas tropas inglesas lideradas por Robert Devereux, 2º Conde de Essex, que saquearam e incendiaram a igreja, destruindo grande parte do seu interior, incluindo os altares e os tetos de madeira. 

A Reconstrução Barroca
Após este ataque, iniciaram-se extensas obras de reconstrução, durante as quais foram introduzidas colunas de ordem dórica que sustentam os arcos de volta perfeita, separando as três naves do edifício. Nos sécs. XVII e XVIII, a igreja foi enriquecida com talha dourada e elementos decorativos barrocos, que hoje representam um dos conjuntos mais valiosos da época no Algarve. 

Terramotos e Restauros
Os terramotos de 1722 e 1755 causaram novos danos ao edifício, obrigando a sucessivas obras de restauro, que alteraram significativamente a sua traça primitiva.

A Catedral Hoje
Atualmente, a Catedral de Faro apresenta uma planta longitudinal com três naves de quatro tramos, separadas por colunas dóricas, uma cabeceira tripartida de traçado retangular e uma capela-mor coberta por caixotões. O acesso principal faz-se através de uma galilé quadrangular que antecede o portal em arco quebrado, situado sob a torre sineira. A fachada norte possui um portal com frontão recortado, decorado com trabalhos de argamassa, e uma porta ogival de madeira almofadada. A torre sineira, que resistiu às várias destruições, constitui hoje um dos melhores miradouros da cidade de Faro. 

A Catedral é a igreja-sede do Bispo do Algarve, neste momento, D. Manuel Neto Quintas.